Maltańska Służba Medyczna została utworzona przez zespół wolontariuszy działających z inicjatywy ks. Franciszka kard. Macharskiego w roku 1990. W roku 1991 Związek Polskich Kawalerów Maltańskich Suwerennego Rycerskiego Zakonu Szpitalników Św. Jana Jerozolimskiego zwanego Rodyjskim i zwanego Maltańskim przejął patronat nad ww. wolontariuszami. W roku 2003 r. postanowiono nadać ramy prawne organizacji i utworzone zostało Stowarzyszenie Maltańska Służba Medyczna – Pomoc Maltańska z siedzibą w Krakowie. Komendantem Głównym został członek Zakonu Maltańskiego prof. dr hab. Henryk Kubiak, który kierował organizacją do roku 2010, kiedy to na stanowisku zastąpił go Jacek Jarnuszkiewicz – Kawaler Maltański.

W roku 2011 Związek Polskich Kawalerów Maltańskich podjął decyzję o wycofaniu się z patronowania Stowarzyszeniu Maltańska Służba Medyczna, ze wszystkimi tego konsekwencjami włącznie z cofnięciem prawa do używania dotychczasowej nazwy i symboli maltańskich.

Zakon podjął decyzję o powołaniu do życia Fundacji Związku Polskich Kawalerów Maltańskich  Maltańska Służba Medyczna – Pomoc Maltańska z siedzibą w Katowicach, której pierwszym prezesem zarządu został ppłk. Zbigniew Machaj. W  sierpniu 2011 roku na funkcję prezesa został powołany Damian Zadeberny pełniący obowiązki do dnia dzisiejszego.

Oddziały MSM, które postanowiły dalej pracować w ścisłym związku z Zakonem Kawalerów Maltańskich realizując motto: Tuitio fidei et obsequium pauperum („Obrona wiary i pomoc potrzebującym”)  stały się jednostkami terenowymi Fundacji.

Wolontariusze Fundacji ZPKM Maltańska Służba Medyczna – Pomoc Maltańska pracują w jedności z Kościołem Katolicki pomni słów Pana Naszego Jezusa Chrystusa: „wszystko coście uczyniliście jednemu z tych braci moich najmniejszych, Mnieście uczynili” (Mt. 25,40).